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본 워크숍은 암 연구에 필수적인 TCGA 데이터베이스에서 데이터를 효율적으로 추출하고 분석하기 위한 R 기반 패키지인 TCGAbiolinks의 활용법을 소개합니다. 이론 및 실습을 통해 생물정보학 분야 연구자, 대학원생 및 관련 분야 종사자들에게 실질적인 분석 역량을 제공할 것입니다.
DepMap, 즉 Cancer Dependency Map 프로젝트는 암 연구에서 셀라인을 사용하는 데 있어 중요한 자원입니다. 이번 워크샵은 DepMap 데이터를 활용하여 암 세포의 유전적 특성과 약물 반응성 사이의 관계를 더 깊이 이해하고, 실제 연구에 적용할 수 있는 분석 기법을 배우는 데 중점을 둡니다.
TCGA 데이터가 유전체 데이터 중심으로 암 유전적 특성을 규명하는데 활용되었다면, CPTAC(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium) 데이터는 단백체 데이터를 포함하여 유전체-단백질 통합 분석을 통해 단백질 수준의 기전까지 연구할 수 있습니다. 본 워크샵에서는 CPTAC 데이터의 이해와 실제 분석 방법을 다룰 예정입니다.